El Centro de Estudiantes del Colegio San Francisco de Temuco, es una organización estudiantil y democrática, cuya finalidad es representar los intereses, inquietudes y aspiraciones de los estudiantes, promoviendo su participación en la vida escolar y el desarrollo de su pensamiento crítico y participación cívica. Sus funciones principales incluyen la defensa de los derechos estudiantiles, la gestión de actividades para el bienestar de la comunidad escolar y la comunicación entre los alumnos y la dirección del colegio.