Con fecha 21 de noviembre de 1961, el Ministerio de Educación de Chile, otorga la resolución N° 4306, de la Dirección de Educación Primaria y Normal, en el sentido que la Escuela Particular “San Francisco”, R.B.D. 5670-7; ubicada en calle Manuel Montt; N° 71, Comuna Temuco, Provincia de Cautín.

La Escuela Particular “San Francisco” será sostenida por la Congregación de Religiosas Franciscanas Misioneras de la Inmaculada.

El Colegio se inicia entregando una formación para educación Básica, sólo para varones, en donde las encargadas de la educación de los estudiantes eran solo Religiosas, se financiaba con la subvención del Estado y con aportes benéficos de “Los Panchos”, quienes ayudaron en la infraestructura para la construcción del primer pabellón del Colegio. Con los años y por el gran aumento de matricula se comienzan a integrar profesores laicos.

En el año 1981, el colegio pasa a ser Mixto y a su vez en el año 1995 se acoge a las nuevas políticas gubernamentales del País y adopta la modalidad de ser Particular Subvencionado con Financiamiento Compartido hasta la actualidad.

Ya en el año 1998, debido a las fuertes demandas de los estudiantes y apoderados por continuar en el Colegio, con la resolución N° 0315 del 26 de marzo de 1998, el Colegio pasa a tener La Educación Media. Actualmente el Colegio, atiende todos los niveles de Educación; Parvulario, Básica y Media.